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Install PETSc on Linux

Feb 19, 2021 | Aug 16, 2020

PETSc (Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation) 是一套用于求解偏微分方程的大规模(并行)计算库. 它提供了很多第三方软件包的接口, 其中 BLAS/LAPACK 是必须的外部软件库. 目前, 有许多开源的科学计算工具包使用了PETSc, 如有限元求解软件 FEniCS, Firedrake, FreeFEM.

下面首先简要叙述下安装过程, 然后给出一个网络入门教程的链接.

安装

在 Ubuntu 上可以直接用包管理器进行安装, 也可以通过源码编译的方式安装. 通过包管理器安装简单便捷, 而源码编译安装方式灵活自由(关于第三方软件包的选择).

安装方式由以下几种

  • 源码安装
  • 包管理器
    • apt, yum 等.
    • Spack: Spack 目前支持 5000 多个软件的安装, 详细列表在 Package List

源码安装

源码安装请参考官方安装指南 Documentation: Installation

注意事项

  1. 推荐使用 git 从仓库下载源码的方式安装.
    因为 git 仓库会包含最新的补丁 (PETSc 的 Configure 由于涉及很多第三方软件包的版本和下载地址等信息, 内容繁多, 某些软件包会有问题.), 而在官网下载 tar.gz 会有延迟.

  2. 环境变量 LANG 设置为 C.UTF-8 时编译会出错, 有以下错误

    1. 选项不兼容 
      Fortran libraries cannot be used with C++ as linker.
Run with --with-fc=0 or --with-cxx=0
    2. Python syntex error when configure.(Issue 711)

    解决方案: 修改 LANG 为 en_US.UTF-8.

  3. 了解你需要那些第三方的软件包, 然后选择安装 (同样的, 有网络的话, 推荐自动下载安装).

    某些第三方的包可以通过系统的包管理器安装的, 可已选择使用系统的包管理器进行安装, 节约时间.

入门教程

  1. PETSc ‘18 Tutorials by Matthew Knepley.
  2. Introduction to PETSc by Victor Eijkhout.

其他链接

  1. Spack by Todd Gamblin